胃蛋白酶可水解食物中的蛋白质，使之分解成䏡和胨、少量多肽及游离氨基酸。胃蛋白酶只有在酸性环境中才能发挥作用。胃切除后，没有了胃蛋白酶，蛋白质确实不能被胃蛋白酶消化了。但是食物进入十二指肠后便开始了小肠内的消化，小肠内消化是整个消化过程中最重要的阶段。小肠中分泌的胰蛋白酶和糜蛋白酶作用极为相似，都能分解蛋白质为䏡和胨，当两者一同作用于蛋白质时，则可将蛋白质消化为小分子多肽和游离氨基酸；糜蛋白酶还有较强的凝乳作用。此外，正常胰液中还含有羧基肽酶、核糖核酸酶、脱氧核糖核酸酶等水解酶。羧基肽酶可作用于多肽末端的肽键，释放出具有自由羧基的氨基酸。

胰液中还含有胰淀粉酶和胰脂肪酶，由于胰液中含有水解糖、脂肪和蛋白质三类营养物质的消化酶，因而是最重要的消化液。当胰液分泌障碍时，即使其他消化液分泌都正常，食物中的脂肪和蛋白质仍不能完全被消化和吸收，常可引起脂肪泻，但糖的消化和吸收一般不受影响。